南京农业大学学生会工作机构架构为“主席团+工作部门”模式,其中主席团设执行主席,采用轮值制度,下设综合事务中心、宣传教育中心、权益维护中心、文化艺术中心、体育文化中心五大职能部门,共同开展学生会各项工作,各工作部门接受学生会主席团的直接领导,配合主席团工作。
各院学生会在同级党组织领导、团委指导下开展工作,接受校学生会的领导,协助校学生会开展工作。南京农业大学学生会浦口校区执行委员会统筹浦口校区相关学生会组织工作事宜。